Полное экзомное секвенирование в Израиле

Полное экзомное секвенирование (whole exome sequencing, WES) – это генетический тест, который помогает обнаружить изменения (варианты) в генетическом коде пациента. Эти варианты могут быть причиной генетических заболеваний.

У человека примерно 20 000 генов. Большинство болезнетворных мутаций находятся в кодирующих участках генов – экзонах. Совокупность всех экзонов составляет экзом.

Цель полного экзомного секвенирования – найти все генетические варианты, чтобы поставить точный диагноз или подтвердить уже существующий.

В отличие от большинства генетических тестов, которые исследуют одиночный ген или заранее определенный набор генов, полное экзомное секвенирование позволяет одновременно изучать тысячи генов.

Вопросы и ответы

• Зачем проводят полное экзомное секвенирование?

  • Поставить правильный диагноз или уточнить существующий
    
  • Подобрать подходящее лечение
    
  • Определить прогноз развития заболевания
  • Подтвердить или исключить генетическое заболевание у членов семьи
    
  • Оценить риск рецидива 
    
  • Спланировать семью

• Как проводится полное экзомное секвенирование?

  Для проведения текста нужны 3 образца крови – самого пациента и обоих биологических родителей. ДНК выделяется из всех 3 образцов, затем в лаборатории проводится секвенирование. 

  При этом оцениваются характеристики каждого варианта: тип генетического изменения, есть ли подобное изменение у родителей, как часто вариант встречается в целом. Это помогает понять, может ли исследуемый вариант быть причиной генетической болезни у пациента.

• Каковы преимущества ПЭС?

  • Позволяет выявить генетические варианты, объясняющие клиническую картину у пациента, и поставить верный диагноз.
    
  • Позволяет предсказать течение болезни и выбрать подходящее лечение или профилактические меры.
    
  • Позволяет оценить возможные риски, а также поставить диагноз другим членам семьи.
    

• Каковы риски ПЭС?

  • Даже если найден генетический вариант, спровоцировавший болезнь, и поставлен точный диагноз, лечение может не поменяться. Также может выясниться, что на сегодняшний день лечения конкретного заболевания не существует.
    
  • В некоторых случаях врач может порекомендовать дополнительные тесты для уточнения результатов ПЭС. 
    
  • Риски, связанные с материальными затратами
    
  • Психологический фактор

• Каковы ограничения ПЭС?

  • В некоторых случаях ПЭС не помогает поставить точный диагноз

  • На сегодняшний день 95 % экзома хорошо поддается секвенированию и интерпретации. Это означает, что 5% экзома остаются неисследованными. Если ответственные за болезнь генетические варианты находятся в этой области, их не выявить.  

  • ПЭС исследует наиболее важные, кодирующие участки генов – экзоны. Генетические изменения в других областях могут остаться не выявленными.

  • ПЭС может не определить некоторые типы вариантов, среди которых крупная делеция/инсерция и экспансия тринуклеотидных повторов. Последняя связана с такими заболеваниями, как хорея Гентингтона и болезнь Кеннеди.   

  • Медицине пока не известны роли всех генов и их вариантов. По этой причине найденные варианты интерпретируются не на 100 %. Но исследования продолжаются, и пациенты могут периодически обращаться для обновления результатов теста. Со временем новая информация становится доступной.

  • Интерпретация результатов ПЭС зависит от точности клинических данных и семейного анамнеза
    

• Какие результаты дает ПЭС?

  Первичные результаты:

  • Варианты в генах-провокаторах заболеваний, симптомы которых схожи с клинической картиной пациента. В том числе ПЭС дает информацию о том, является ли человек носителем рецессивных заболеваний. 
    
  • Варианты в генах неопределенной значимости – если они с большой долей вероятности влияют на заболевания, но в точности это неизвестно.

  Вторичные результаты:

  Вторичные результаты – это перечень вариантов, которые гипотетически могут быть связаны с различными патологиями. При этом они напрямую не связаны с причиной, по которой проводилось секвенирование. Пациент или его родители могут выбрать, узнавать о вторичных результатах или нет.

  Информация о возможных рисках помогает принять меры профилактики. Например, вовремя пройти обследование на онкологические заболевания.

  Вторичные результаты могут вызвать тревогу и беспокойство. Также может потребоваться дополнительное медицинское вмешательство.

  На сегодняшний день вторичные результаты сообщаются в 2 случаях:

  • если они затрагивают один из 59 генов из официально признанного перечня
    
  • если известно или предполагается, что найденные варианты связаны с заболеваниями.
    

  
  

  
  

• Зачем нужны образцы ДНК родителей?

  Образцы родителей нужны для получения достоверных результатов. Интерпретация ПЭС будет более точной, если можно сравнить результаты пациента и обоих родителей.

  ! Родители не получают полного отчета о своих результатах.

  ! Если пациент унаследовал генетические варианты от одного из родителей, это будет упомянуто в отчете о результатах пациента. Родители могут узнать о диагнозе, рисках для здоровья или о том, являются ли они носителями рецессивных заболеваний.

  ! Не сообщается о вариантах, которые были найдены у родителя, но отсутствуют у пациента.

   

  
  

• Что еще может рассказать ПЭС о членах семьи?

  Для теста необходимы образцы ДНК обоих родителей. В процессе тестирования может выясниться, что предполагаемые мать или отец не являются биологическими родителями. В таких случаях получить достоверные результаты невозможно, и тестирование прекращается.
  При этом оплачивается уже проведенная работа лаборатории.
  Иногда результаты могут указывать на то, что родители пациента состоят в родстве, например, приходятся друг другу двоюродными братом и сестрой.