Новый метод секвенирования ретинобластомы

Исследователи Детской больницы Лос-Анджелеса (США) разработали новейший тест секвенирования гена, связанного с ретинобластомой. Новый подход является одновременно более объемлющим и более быстрым, что позволяет врачам обнаружить генетическую причину развития рака на ранней стадии и значительно увеличивает шансы побороть болезнь.
Тест был разработан для программы по исследованию ретинобластомы офтальмологического центра больницы. Программа является одной из самых масштабных в США, около 20 % случаев ретинобластомы попадают под неё. В рамках этой программы, ежегодно получают лечение около 50 новых пациентов.

Ретинобластома – злокачественная опухоль, развивающаяся в раннем детстве в незрелых клетках сетчатки одного глаза, или сразу двух. Опухоль может начать своё развитие ещё до рождения ребёнка, а самый поздний возрат для развития – семь лет. У детей этот тип рака легко идентифицировать по, так называемому, «блеску» в зрачках, появлению белого зрачка на цветных фото, или по наличию косоглазия.
Ранний диагноз очень важен, поскольку ретинобластома может привести к слепоте или к смерти, если её не лечить. В случаях с зародышевой линией, болезнь, создающая мутирование, находится в клетках по всему телу, что вызывает появление опухолей в глазах, а также в разных других точках организма. По этим причинам, обнаружение заболевания на ранней стадии критически важно для определения лучших методов лечения и профилактики.

Группа врачей и учёных из отделения патологии и центра лабораторной медицины, работающие с врачами и хирургами офтальмологического центра, разработали тест секвенирования «RB1 NextGen», который основан на глубоком секвенировании ДНК, и использует новейшую техническую и биоинфоматическую методологию для полного секвенирования гена RB1.

Обычное генетическое тестирование на ретинобластому состоит из секвенирования «горячих точек» внутри гена, где произошло мутирование. Учёные из детской больницы подошли к разработанному ими тесту иначе, предпочитая секвенировать ген полностью, от начала и до конца.
«Как правило, мы уже использовали процедуры секвенирования нового поколения для изучения большого количества генов при относительно неглубокой проверке», объясняет Александр Джадкинс, M.D., F.R.C.P., заведующий кафедрой патологии и лабораторной медицины. «Наша команда подошла к задаче с другой точкой зрения. Мы решили проверить ген полностью, секвенируя его от начала до конца. С технической точки зрения, это сделать очень непросто.»
«Существующие методы секвенирования ретинобластомы не проверяют гены полностью, таким образом некоторые данные могут быть упущены», добавляет Тимоти Триш, M.D., Ph.D., директор Центра персонализированной медицины при Детской больнице Лос-Анджелеса, «Новые данные дали нам понять, что не проверенные ДНК тоже очень важны. Одно из преимуществ нашего подхода именно в том, что мы проверяем ген полностью».

Секвенирование всего гена позволяет учёным рассмотреть более частые случаи мутирования гена RB. Поскольку это мутирование может быть передано другим, полученые данные могут облегчить выбор правильного лечения пациентов.
«Мы привыкли считать, что если у ребёнка есть опухоль только в одном глазу, то это результат соматической мутации. А поскольку носители соматических мутаций не могут передать мутированные гены, мы думаем, что удаление опухоли решило проблему и вылечило пациента от рака», говорит Том Ли, M.D., директор Офтальмологического центра при Детской больнице Лос-Анджелеса, «Однако сейчас мы знаем, что определённый процент детей – носителей соматических мутаций, от 10 до 15 %, на самом деле носители мутации зародышевой линии, что подвергает их риску, поскольку у них могут развиться новые опухоли в подростковом или в раннем взрослом возрасте».

По словам доктора Ли, раннее обнаружение мутирования помогает не только заранее диагностировать ретинобластому у пациента, но и понять кому эта болезнь может быть передана, поскольку она может появиться у его братьев и сестёр или даже у его детей.
Сотни детей уже прошли курсы лечения ретинобластомы в Детской больнице Лос-Анджелеса, но теперь больница может предложить им и этот уникальный тест, способный проверить, действительно ли болезнь была побеждена. «Мы счиатем, что братья, сестры и дети носителей должны пройти этот тест сразу после рождения, ведь обнаружения мутирования на самой ранней стадии может спасти пациенту зрение», говорит Ли.

Примерно две трети пациентов с ретинобластомой в Детской больнице имеют опухоль только в одном глазу. Только у 15 % результат тестирования будет положительным, но врачи всё равно должны относиться ко всем пациентам, как будто они рискуют развить опухоль и во втором глазу в результате мутирования зародышевой линии. «Тестирование может занять три или четыре месяца – слишком долгое время, когда здоровье ребёнка находится под угрозой», говорит Джонатан Ким, M.D., директор программы по исследованию ретинобластомы в Детской больнице Лос-Анджелеса. «Наши тесты проходят быстрее, мы можем тут же получить результат и улучшить лечение наших пациентов».

«Это тестирование позволяет нашим исследователям лучше разглядеть ген RB1», говорит Джадкинс. Новые геномные данные возможно приведут к новым важным открытиям, которые позволят диагностировать болезнь на более ранней стадии развития, и разработать новые методы лечения как первичных, так и рецидивных заболеваний.